Molti dei dubbi emersi sulle modalità di calcolo dell'IMU, con particolare riguardo alla detrazione per i figli e le pertinenze, sono stati chiariti con la circolare n. 3/DF del 18 maggio 2012.
Nella circolare si affronta anche, tra l'altro in maniera chiara e ricca di calcoli esemplificativi, il tema degli arrotondamenti che puntualmente si ripresenta ogni qual volta viene introdotta una nuova imposta o al momento di effettuare i calcoli.
A pag. 37 della circolare si legge quanto segue:
"Si rammenta che il comma 166 dell'art. 1 della legge n. 296 del 2006, applicabile anche all'IMU, ai sensi dell'art. 9, comma 7, del D. Lgs. n. 23 del 2011, prevede che "il pagamento dei tributi locali deve essere effettuato con arrotondamento all'euro per difetto se la frazione è inferiore a 49 centesimi, ovvero per eccesso se superiore a detto importo". Sulla base della formulazione della norma è agevole affermare che, tenendo conto dell'intento del legislatore, l'arrotondamento per difetto va effettuato anche nel caso in cui la frazione sia uguale a 49 centesimi, in linea, peraltro, con il meccanismo stabilito per i tributi erariali. Il versamento tramite F-24 comporta che le disposizioni della norma in esame devono essere coordinate con le specifiche tecniche che regolano il funzionamento del mezzo di pagamento in discorso.
Pertanto, poiché a ciascuna tipologia di immobile è associato un differente codice tributo, l'arrotondamento all'unità deve essere effettuato per ciascun rigo del modello F-24 utilizzato, allo scopo di salvaguardare le esigenze di omogeneizzazione dell'automazione dei vari tributi, nel pieno rispetto delle modalità previste dal Capo III del D. Lgs. n. 241 del 1997, concernente la disciplina dei versamenti unitari."
Da notare la precisazione del Ministero che, fornendo una sua interpretazione autentica, corregge di fatto la norma che lasciava per così dire "scoperto" il caso in cui la parte decimale fosse esattamente 49 centesimi (per essere completa la norma avrebbe dovuto riportare la locuzione "...inferiore o uguale a 49 centesimi...").
Ma, al di là di questa piccola curiosità, Il Ministero conferma quindi l'obbligo di arrotondare gli importi inseriti nel modello F24 all'euro superiore o inferiore secondo la regola sopra descritta.
Ad esempio, se si calcola l'IMU per una prima casa con rendita di € 840, posseduta al 100% per 12 mesi da un solo titolare, avremo un'imposta di € 377,92 che può essere suddivisa in 3 rate (codice tributo 3912) da € 125,85 ciascuna.
Seguendo le indicazioni ministeriali contenute nella circolare, le prime due rate vanno arrotondate all'euro superiore e nell'F24 occorre inserire 126,00 indicando come codice tributo 3912 (abitazione principale).
Supponendo, per semplificare, che l'aliquota di dicembre rimanga la stessa, il conguaglio si dovrà calcolare come differenza tra l'imposta annua dovuta (377,92) e quanto già versato nelle prime due rate (126,00 +126,00 = 252).
L'importo ancora da versare è quindi ancora 125,92 che andrà inserito nel modello F24 anch'esso arrotondato all'euro superiore (126,00).
La circolare, inoltre, ribadisce la necessità di arrotondare all'euro gli importi "per ciascun rigo" del modello stesso; in altre parole, per chi paga l'IMU per più immobili che confluiscono tutti nello stesso codice tributo, dovrà prima effettuare i calcoli arrotondando al centesimo e solo alla fine arrotondare all'euro l'importo risultante da inserire nella riga del modello F24.
Fin qui tutto abbastanza chiaro, ma allora dove sta l'incongruenza?
L'Agenzia delle Entrate ha pubblicato un documento contenente alcune istruzioni per la compilazione del modello F24 nelle quali afferma che:
"Gli importi devono sempre essere indicati con le prime due cifre decimali anche nel caso che tali cifre siano pari a zero. In presenza di più cifre decimali occorre procedere all'arrotondamento della seconda cifra decimale con il seguente criterio: se la terza cifra è uguale o superiore a 5, l'arrotondamento al centesimo va effettuato per eccesso; se la terza cifra è inferiore a 5, l'arrotondamento va effettuato per difetto (es.: euro 52,752 arrotondato diventa euro 52,75; euro 52,755 arrotondato diventa euro 52,76; euro 52,758 arrotondato diventa euro 52,76).
Si richiama l'attenzione sulla circostanza che le prime due cifre decimali vanno indicate anche se pari a zero come nell'ipotesi in cui l'importo sia espresso in unità di euro (es.: somma da versare pari a 52 euro, va indicato 52,00)"
Questa contraddizione è destinata inevitabilmente a creare ulteriore confusione nei contribuenti ma, in attesa di ulteriori chiarimenti, si ritiene che la legge n. 296 del 2006 nonché l'interpretazione autentica  fornita dal Ministero con la circolare 3D/F siano in certo senso più vincolanti e che pertanto, probabilmente, convenga comportarsi come si è sempre fatto in presenza di tributi locali, ovvero arrotondare all'euro superiore o inferiore.
Ci aspettiamo in ogni caso qualche chiarimento in più che sicuramente non guasterebbe considerata la volontà emersa in questi giorni di non prorogare la prima scadenza IMU per il 2012.
In ogni caso per completezza di informazione, il nostro calcolatore IMU fornisce sempre l'imposta dovuta calcolata al centesimo, l'imposta complessiva arrotondata e le singole rate anch'esse arrotondate all'euro.

Una nota positiva riguarda invece la possibilità di compensazione introdotta nel nuovo modello F24:

Il contribuente può scegliere di utilizzare l’eventuale credito che risulta dal modello di dichiarazione 730/2012 per pagare l’IMU dovuta per l’anno 2012, mediante compensazione nel modello F-24.
Come precisato nelle istruzioni per la compilazione del modello 730/2012, "per utilizzare in compensazione questo credito il contribuente deve compilare e presentare alla banca o all’ufficio postale il modello di pagamento F24 anche se, per effetto della compensazione eseguita, il saldo finale è uguale a zero".

Quindi è importante compilare e consegnare in banca o presso gli istituti preposti alla riscossione il modello anche se il credito supera l'IMU dovuta.